L’aeroporto nasce nel 1926 come campo di fortuna creato dal genio aeronautico, dal 1929 viene utilizzato dal 20º Stormo aeroplani da ricognizione comandato dal Col. Mario Martucci, al quale sarà intitolato inizialmente lo scalo.
Risale al 1933 l’istituzione della scuola provinciale di volo a vela, destinata a diventare nel 1938 scuola nazionale di volo senza motore. Dal 1940 al 1943 ospita la scuola di pilotaggio 1º periodo e negli stessi anni l’architetto Pier Luigi Nervi progetta gli hangar. Nel 1946 viene istituito un servizio meteorologico, con relativa stazione affiliata all’organizzazione meteorologica mondiale, mentre risale al 1952 la fondazione dell’Aero Club Salerno, con primo avioraduno nel 1958. Nello stesso anno viene presentato uno schema di atto costitutivo per il consorzio per l’aeroporto di Pontecagnano (poi ufficializzato nel 1981).
Nel 1962 vi atterra l’aereo con a bordo la famiglia Kennedy. Dal 1958 al 1970 vi si sono svolti 13 tra avioraduni e manifestazioni aeree. Dal 1975 ospita il 7° Elinucleo dei Carabinieri, mentre nel 1984 arriva il 9º Nucleo elicotteri dei Vigili del Fuoco e la sezione locale dell’Associazione Nazionale Paracadutisti con la sua scuola di lancio. Nel 1987 viene realizzata la nuova torre di controllo. Fino al 2007 è stato utilizzato esclusivamente, oltre che da Carabinieri e Vigili del Fuoco, dalle scuole di volo e paracadutismo e per traffico business di piccoli jet privati.
Nel 2007 l’aeroporto è stato adeguato per sviluppare il traffico civile su larga scala, con quattro banchi check-in, due aree di imbarco, nastri bagagli e sale d’aspetto. La pista, che dispone del sistema radiofaro VOR, di radioassistenza VDF e di un sistema luci e apparecchiature per semplificare le manovre di atterraggio, è stata allungata per un totale di 1 654 m.
I voli di linea sono iniziati nel 2008, con la compagnia VolaSalerno che ha operato dal 2 agosto 2008 al 18 dicembre 2008, seguita dal 27 luglio 2009 al 7 maggio 2010 dalla compagnia Air Dolomiti. Dal 1º dicembre 2010 al 23 marzo 2012 ha poi operato la compagnia Alitalia. Dal giugno 2012 a ottobre 2012 hanno operato le compagnie Skybridge AirOps, Air Dolomiti, Danube Wings.
Nel gennaio 2013 lo scalo è stato inserito nel “Piano Nazionale per lo Sviluppo Aeroportuale” tra i 31 aeroporti di interesse nazionale.
È da questa decisione che scaturisce la necessità di un adeguamento strutturale sia della pista sia dell’aerostazione oltre alla necessità di adeguare i collegamenti ferroviario e stradale con i prolungamenti della tangenziale e della metropolitana di Salerno.